Boss战要求玩家精心准备队伍配置，一个均衡的队伍应包括攻击型忍者负责主要输出，防御型忍者抵挡伤害，辅助型忍者提供治疗或增益，以及控制型忍者限制Boss行动，根据Boss的属性和技能特点调整忍者的站位和出战顺序至关重要，同时提升忍者的基础属性如等级、技能等级和装备精炼程度能显著提高生存能力和伤害输出，为挑战高难度Boss打下坚实基础。
密卷技能在Boss战中能起到关键作用，尤其是冰遁·暴雪这类控制型密卷，暴雪具有延迟冰冻特性，除了Boss的大招外其他技能无法抵消，玩家可以在普通攻击起手时释放暴雪，利用其Y轴伤害范围对Boss造成硬直从而中断其动作，在连击过程中需要谨慎控制节奏避免因过早将Boss打倒地而失去控制机会，冰冻效果持续期间玩家应耐心等待最佳追击时机，配合其他技能或通灵兽进行高额伤害输出，这种策略适用于多种Boss战场景能有效压制Boss的进攻节奏。
技能连招的精准使用是Boss战获胜的核心，玩家需要熟悉每个忍者的技能组合，通过连续释放技能来最大化伤害和控制效果，观察Boss的攻击前摇和模式及时使用技能进行打断或躲避可以避免受到重创，提高队伍对冰冻击飞等状态抗性的准备能减少Boss控制技能的影响，此外利用技能骗过敌人的替身术创造连招机会是高级策略的一部分，在Boss释放大招或特殊技能时把握时机使用密卷或通灵兽进行反制能扭转战局。
走位和躲避技巧在Boss战中不可或缺，通过灵活的移动如上下跑位或侧向翻滚可以避开Boss的范围攻击和直线冲刺，玩家应时刻关注Boss的动作提示提前预判并反应以减少受伤几率，合理使用游戏内道具如恢复药水增强卷轴能在关键时刻维持状态或提升能力，同时持续更新忍术修炼查克拉培养等资源确保忍者队伍不断成长是应对日益困难Boss战的长期策略，组队玩法中协调队友之间的技能配合和资源分配能进一步提高通关效率。
