共有7种秘传技能需要特定妖怪学习才能推进剧情或探索地图。这些技能包括：一字斩（HM01）、飞天（HM02）、冲浪（HM03）、怪力（HM04）、闪光（HM05）、碎岩（HM06）和攀瀑（HM07）。潜水技能在本作并未被设计为秘传技。掌握这些技能的妖怪需满足特定属性或进化阶段要求，例如水系妖怪普遍能学习冲浪，而飞行系妖怪多数可掌握飞天。
获取秘传技能的途径主要分为剧情奖励和特殊NPC赠送。一字斩由圣安努号船长在完成船剧情后给予；飞天需前往彩虹市左侧区域获取；冲浪技能机器位于野生原野区；怪力则需在浅红市狩猎区找到园长的假牙并归还；碎岩由一之岛温泉的老头赠送；攀瀑藏在四之岛洞穴深处。每种秘传技能对应不同的环境互动功能，如砍树、移动巨石或照亮黑暗洞穴，这些功能是游戏进程推进的关键要素。
从妖怪种类来看，能学习秘传技能的妖怪存在明显属性倾向。水系妖怪如宝石海星、暴鲤龙可掌握冲浪和攀瀑；飞行系的比雕、大嘴雀能使用飞天；格斗系怪力、铁甲暴龙适合学习怪力；虫系或普通系的拉达、大针蜂可习得碎岩。部分多属性妖怪如喷火龙同时具备学习飞天和怪力的能力，这种跨属性适配性使其成为队伍配置的优选。秘传技能会永久占据妖怪的技能栏位，需前往浅红市的遗忘爷爷处才能解除。
技能遗忘机制是秘传技能系统的特殊设计。与普通技能不同，玩家无法通过技能学习器覆盖秘传技能，必须前往浅红市精灵中心左侧房间，与特定NPC对话选择需要遗忘技能的妖怪。该机制保证了游戏初期必须保留必要的环境互动能力，但也可能限制妖怪的战斗技能组合。部分玩家会选择培养专门的工具妖怪来承担秘传技能，避免主力战斗成员技能格被占用。
从游戏平衡性角度看，秘传技能系统创造了属性与功能之间的动态制约。水系妖怪因能学习冲浪和攀瀑两大关键秘传技，其战术价值显著提升；而飞行系妖怪凭借飞天带来的快速移动能力，成为队伍不可或缺的交通工具。这种设计促使玩家在组建队伍时需兼顾战斗能力与环境互动需求，增加了队伍配置的策略深度。开发团队通过秘传技能的分布设计，有效引导玩家探索游戏世界的各个区域。
数据通关流程中平均需要培养3-4只不同属性的妖怪来覆盖全部秘传技能。常见配置组合包括：飞行系+水系+格斗系的基础三角，或选择暴鲤龙等多面手妖怪减少队伍占用名额。后期获得遗忘功能后，玩家可重新优化技能配置，但多数玩家仍会保留至少两只具备秘传技能的妖怪以应对复杂地形。这种设计既保证了游戏进程的线性推进，又为队伍构建提供了合理的弹性空间。
