初始宝可梦的选择直接影响游戏前中期的战斗节奏和资源分配。游戏提供三种属性相克的御三家：妙蛙种子（草系）、小火龙（火系）和杰尼龟（水系）。草系前期压制水系道馆但弱于飞行系训练师；火系对草系和虫系优势明显，但需注意水系与岩石系克制；水系能快速通关岩石系道馆，但面对电系时需谨慎培养副属性宝可梦作为补充。
妙蛙种子早期可通过寄生种子和催眠粉实现低消耗战斗，但输出能力较弱；小火龙进化至喷火龙后拥有飞行属性，能覆盖更多打击面，但16级前仅依赖火花技能，需依赖道具或队友辅助；杰尼龟的水枪与缩壳组合攻守均衡，但中期需补充电系或草系技能应对特定敌人。
游戏内NPC等级动态机制需特别注意。对手宝可梦等级会同步玩家队伍中最高等级成员，因此单一宝可梦过度练级可能导致后续战斗难度陡增。建议均衡培养2-3只核心宝可梦，避免因属性短板被针对性压制。常磐森林的虫系宝可梦（如绿毛虫）可早期捕获并进化成巴大蝴，其催眠粉与念力能有效弥补御三家的控制缺口。
选择小火龙需优先获取灼伤药应对华蓝市水系训练师；杰尼龟则需在月见山提前准备解麻药对抗皮皮族的麻痹粉；妙蛙种子依赖解毒剂处理常磐森林的毒粉蛾。枯叶市获得的钓竿可补充水系阵容，而居合斩秘传机需尽早分配给非主力宝可梦以保障地图探索流畅性。
二周目继承机制要求玩家在初始阶段便考虑长远发展。通关后保留的宝可梦将直接参与高难度战斗，因此个体值与性格需早期筛选。红莲岛研究所的个体值评估功能可辅助判断，而不变之石能锁定优良性格遗传。若计划收集全图鉴，建议保留初始宝可梦的进化形态用于交换限定物种。
初始选择需综合属性克制、技能池深度及队伍兼容性进行决策，并配合动态资源管理以适应游戏各阶段挑战。后期可通过技能机器和隐藏道具调整战术，但早期决策仍对游戏体验产生持续性影响。
